En la década de 1940, el sindicato de Boilermakers, junto con otros sindicatos, se enfrentó a presiones para poner fin a sus sistemas de logias auxiliares, que segregaban a los miembros negros en secciones locales separadas. Es importante señalar que, si bien no todos los sindicatos estaban segregados en la década de 1940, la mayoría lo estaban, reflejando la sociedad en general.
Si bien líderes sindicales como el vicepresidente internacional Charles J. MacGowan y el agente comercial de la Sección Local 72, Thomas Ray, negaron cualquier discriminación, tanto el comité de prácticas justas de empleo como la corte suprema de California llegaron a la conclusión opuesta, exigiendo finalmente el desmantelamiento del sistema.
Un caso crucial en la lucha contra el sistema auxiliar involucró a Joseph James, un Boilermaker afroamericano que trabajaba en Marinship en San Francisco. Demandó tanto al sindicato internacional como a su empleador, argumentando que el sistema auxiliar era intrínsecamente discriminatorio. Su equipo legal estaba encabezado por Thurgood Marshall, quien entonces era abogado de la NAACP y posteriormente se convertiría en el primer juez negro de la corte suprema de Estados Unidos. En una decisión histórica, la corte suprema de California falló unánimemente a favor de James, declarando el sistema auxiliar discriminatorio e inconstitucional. El tribunal ordenó al sindicato abolirlo.
Mientras tanto, la FEPC, establecida para garantizar prácticas laborales justas en las industrias de tiempos de guerra, también ordenó al Local 72 que pusiera fin al sistema auxiliar. Estos fallos dobles pusieron de relieve la creciente presión legal y política sobre los líderes de los Boilermakers para que aborden la cuestión de la igualdad racial dentro del sindicato. En la convención de 1944, MacGowan, quien se preparaba para suceder a Joseph Franklin como presidente internacional, utilizó una carta del presidente Franklin D. Roosevelt para convencer a los delegados de que votaran a favor del fin del sistema. En la carta, Roosevelt elogió a los Boilermakers por sus contribuciones al esfuerzo bélico y apeló a su patriotismo, instándolos a apoyar la igualdad racial para que «todo trabajador capaz de servir a su país... [pudiera] servir independientemente de su credo, raza u origen nacional». La carta tuvo un gran impacto, lo que provocó cambios en el sistema de auxiliares.
En respuesta, la convención de 1944 aprobó una resolución que permitía a las secciones locales auxiliares elegir a sus propios delegados para las convenciones sindicales y afiliarse a los consejos de oficios metalúrgicos locales. Anteriormente, dependían de sus secciones locales blancas supervisoras para su representación. Si bien las secciones locales auxiliares adquirieron cierta autonomía, sus reuniones aún debían contar con la asistencia del agente comercial de la sección supervisora. La naturaleza precisa de la relación entre las secciones supervisoras y auxiliares seguía siendo incierta, lo que dejaba gran parte de la discreción al consejo ejecutivo internacional. MacGowan impulsó un enfoque voluntario para la integración, previendo que el problema se resolvería con el tiempo. En 1945, la IEC acordó dejar de formar nuevas secciones locales auxiliares, abrir todas las clasificaciones laborales a los trabajadores negros e igualar las prestaciones del seguro entre los afiliados negros y blancos. A los afiliados negros también se les permitió transferirse entre secciones locales auxiliares.
A pesar de estas reformas, la integración voluntaria no condujo a un cambio inmediato. Para 1948, algunas secciones locales se habían integrado, pero la mayoría seguía segregada. La transformación de los Boilermakers de una organización segregada a una integrada fue lenta, lo que refleja las luchas sociales y políticas más amplias de Estados Unidos durante este período.
El movimiento por los derechos civiles de la década de 1960 finalmente supuso un cambio decisivo. La ley de derechos civiles de 1964 prohibió la segregación y la discriminación, poniendo fin al sistema auxiliar para siempre. En los años siguientes, el sindicato realizó esfuerzos concertados para integrar y alentar a los trabajadores negros a participar plenamente en el sindicato. Posteriormente, fueron elegidos para cargos en todos los niveles, desde los directivos de las logias locales hasta el consejo ejecutivo internacional. La transición de los Boilermakers de un sindicato segregado a uno integrado reflejó el lento y a menudo doloroso camino del país hacia la igualdad racial.
Lo que comenzó en el movimiento obrero como un proceso reticente y gradual, finalmente condujo a la participación plena e igualitaria de trabajadores de todas las razas, reflejando los valores cambiantes del sindicato y de la sociedad estadounidense.
